Maddelerin kimyâ reaksiyonuna girmeleri, ya’nî birbirine te’sîr etmeleri, en küçük parçaları ile olur. Maddelerin bu en küçük parçalarına (Cevher-ül-ferd) veyâ (Atom)denir. Her cism atomlardan yapılmışdır. Ya’nî, atom yığınıdır. Atomların yapısı birbirine benzer ise de, büyüklükleri ve ağırlıkları farklıdır. Bundan dolayı, bugün yüzbeş dürlü atom biliyoruz. En büyük atom bile, en kuvvetli mikroskopla görülemiyecek kadar pek küçükdür. Birbirlerine benziyen atomların biraraya gelmesinden (Basît cism) veyâ(Element) hâsıl olur. Yüzbeş dürlü atom olduğu için, yüzbeş dürlü basît cism vardır. Demir, kükürt, cıva, oksijen gazı, kömür birer elementdir. Başka başka atomların biraraya gelmesinden (Bileşik cism) veyâ (Mürekkeb cism) hâsıl olur. Yüzbinlerce bileşik cism vardır. Su, ispirto, tuz, kireç, mürekkeb cismlerdir. Mürekkeb cismler, iki veyâ dahâ çok basît cismin birbirleri ile birleşmesinden hâsıl olmakdadır. Basît cismlerin birleşmeleri, atomlarının birbirleri ile birleşmelerinden hâsıl olur.

Bütün cismler, meselâ dağlar, denizler, her dürlü bitki ve hayvanlar, hep yüzbeş elementden meydâna gelmekdedir. Canlı, cansız her cismin yapı taşı, hep bu yüzbeş elementdir. Bütün cismler, bu yüzbeş elementden birinin veyâ birkaçının atomlarının biraraya gelmesinden hâsıl olmakdadır. Hava, toprak, su, ısı, ışık, elektrik ve mikroblar, bileşik cismlerin parçalanmalarına veyâ cismlerin birleşmelerine sebeb oluyorlar.(Sebebsiz hiçbir değişiklik olmaz.) Bu değişmelerde, elementler, ya’nî bu varlıkların yapı taşları, cismden cisme yer değişdiriyor veyâ bir cismden ayrılarak serbest hâle geçiyorlar. Cismlerin yok olduklarını görüyoruz. Gördüğümüze göre hükm ederek aldanıyoruz. Çünki, yok oluyor ve var oluyor dediğimiz bu görünüş, maddelerin değişmelerinden başka bir şey değildir. Bir cismin, meselâ mezârdaki ölünün yok olması yeni cismlerin, meselâ suyun, gazların ve toprak maddelerinin var olmaları şeklinde oluyor. Bir değişmede, var olan yeni maddeler, duygu organlarımıza te’sîr etmezlerse, bunların meydâna geldiklerini anlıyamıyoruz. Bunun için, değişikliğe uğrıyan birinci maddeye yok oldu diyoruz.

Yüzbeş elementden herbirinin şekllerinin değişdiğini, her elementde fizik ve kimyâ olayı olduğunu da görüyoruz. Bir element, bir bileşiğin yapısına katılınca, iyon hâline geçer. Ya’nî, atomları elektron verir veyâ alır. Böylece bu elementin çeşidli fizik ve kimyâ özellikleri değişir. Her elementin atomları, bir çekirdekle, (Elektron) denilen çeşidli mikdârlarda, dahâ küçük parçalardan yapılmışdır. Çekirdek, atomun ortasındadır.