Hicretin yüzkırksekizinci senesinde, Receb ayının ortasında pazartesi günü Medînede vefât etdi. Kabri Bakî’ kabristânında, babası Muhammed Bâkırın, dedesi İmâm-ı Zeynel’âbidînin ve amcası Hasen bin Alînin “rıdvânullahi teâlâ aleyhim ecma’în” kabrlerinin yanındadır. Allahü teâlâ ihsânlarda bulunduğu ve şerefli kıldığı o kabrde yatan kadri yüksek zâtın ecrini artdırsın!

Ca’fer-i Sâdık “radıyallahü anh” Ehl-i beytin büyüklerinden ve âlimlerindendir. Onun kalbine akıtılan ilmler ve feyzler o kadar çokdur ki, aklların anlamağa güç yetiremediği ilmler ve ma’rifetler ondan nakl edilir. Ca’fer-i Sâdık “radıyallahü anh” buyurdu ki: Bizim ilmimiz gâbirdir, mezbûrdur, kalblerde nüketdir. Kulaklarda nakrdır. Bizim yanımızda kırmızı cefr, beyâz cefr ve hazret-i Fâtımanın “radıyallahü anhâ” mushafı vardır. Yine bizim yanımızda insanların muhtâc olduğu bütün şeyleri kendisinde toplayan bir kitâb vardır. Bunun üzerine kendisinden bu sözleri açıklamasını istediler. Buyurdu ki: Gâbir; geleceğe âid bilgiler, mezbûr; geçmişe âid bilgilerdir. Kalblerdeki nüket ise ilhâmdır. Kulaklarda nakr, meleklerin konuşmalarıdır ki, kendileri görülmez, konuşmaları işitilmez. Kırmızı Cefr, içinde Resûlullahın “sallallahü aleyhi ve sellem” silâhının bulunduğu bir kabdır. Ehl-i beyt, bizim başımıza geçinceye kadar bu kab ortaya çıkmaz. Beyâz Cefr, içinde Mûsâ aleyhisselâmın Tevrâtı, Îsâ aleyhisselâmın İncîli, Dâvüd aleyhisselâmın Zebûru ve Allahü teâlânın bunlardan önce gönderdiği kitâbların bulunduğu kabdır. Hazret-i Fâtımanın mushafı, onda kıyâmete kadar gelecek meliklerin ismleri ve sözleri vardır. Câmi’aya gelince, o uzunluğu yetmiş zra’ olup, Resûlullah “sallallahü aleyhi ve sellem” bizzat söyliyerek, hazret-i Alîye yazdırmışdır. Vallahi hazret-i Alî ona, kıyâmete kadar insanların muhtâc olduğu yaralama diyeti, bir ve yarım kamçı vurmaya kadar herşeyi yazmışdır ve şöyle buyurduğu nakl edilmişdir: “Beni kaybetmeden önce, benden sonra size kimsenin söyliyemeyeceği şeyleri benden sorunuz.” Hâsılı onun mubârek dilinden dökülen hakîkatler, hikmetler, ince nükteler, emsâlsiz sözler, keşf ve yakîn ehli seçilmiş kimseler arasında meşhûrdur.